当社は、2003年9月に日本コムシス株式会社、サンワコムシスエンジニアリング株式会社(2005年4月に商号を株式会社三和エレックから変更)及び株式会社TOSYS(2012年10月に商号を東日本システム建設株式会社から変更)の3社の株式移転により、純粋持株会社「コムシスホールディングス株式会社」として設立されました。
当社設立以降の企業集団に係る経緯は、次のとおりであります。

年月	概要
2003年9月	日本コムシス株式会社、株式会社三和エレック及び東日本システム建設株式会社が株式移転により当社を設立。 当社の普通株式を株式会社東京証券取引所及び株式会社大阪証券取引所(現 株式会社大阪取引所)の市場第一部に上場。
2004年9月	株式会社三和エレックの第三者割当増資を引き受け。
2005年1月	株式会社三和エレックのNTT情報通信エンジニアリング事業を日本コムシス株式会社に集約。
2005年4月	株式会社三和エレックはサンワコムシスエンジニアリング株式会社に商号変更。 日本コムシス株式会社の電気通信エンジニアリング事業のうちキャリア系ビジネスをサンワコムシスエンジニアリング株式会社に集約。
2005年10月	株式交換により國際電設株式会社(現 ウィンテック株式会社)を完全子会社化し、同日付で日本コムシス株式会社の完全子会社化。
2007年4月	コムシスシェアードサービス株式会社を日本コムシス株式会社から当社の完全子会社とし、コムシスグループの共通業務アウトソーシング会社の位置付けを明確化。
2009年4月	日本コムシス株式会社のITソリューション事業のうちソフトウェア開発事業を、新設分割により設立したコムシス情報システム株式会社へ承継し、同日付でコムシス情報システム株式会社を当社の完全子会社化。
2010年10月	株式交換により株式会社つうけんを完全子会社化。
2012年10月	東日本システム建設株式会社は株式会社TOSYSに商号変更。
2013年2月	株式会社つうけんを存続会社として、北東電設株式会社と合併。
2013年7月	株式会社東京証券取引所と株式会社大阪証券取引所(現 株式会社大阪取引所)の市場統合に伴い、大阪証券取引所市場への上場廃止。
2013年10月	株式会社つうけんを存続会社として、株式会社つうけんハーテック、株式会社つうけん道央エンジニアリング、株式会社つうけん道北エンジニアリング、株式会社つうけん道東エンジニアリング、株式会社つうけん道南エンジニアリングと合併。
2017年6月	監査役会設置会社から監査等委員会設置会社へ移行。
2018年10月	株式交換によりNDS株式会社、株式会社SYSKEN、北陸電話工事株式会社を完全子会社化。
2022年4月	東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所の市場第一部からプライム市場に移行。