当社の前身(大和運輸株式会社)は1919年11月29日東京市京橋区において資本金10万円をもって創立されました。1929年2月増資手続として第二大和運輸株式会社を設立し、同社は大和運輸株式会社を合併するとともに商号を大和運輸株式会社と改称、資本金25万円で発足し現在に至っております。

1919年11月	東京市京橋区において資本金10万円、車両数4台で創立。
1929年4月	東京-横浜間に定期便を開始する。わが国最初の路線事業。
1949年5月	東京証券取引所の再開とともに株式を上場。
1950年3月	通運事業を開始。
1951年1月	C.A.T.航空会社と代理店契約を締結し、航空貨客の取扱を開始。
1952年1月	海上貨物取扱船積業務を開始。
1958年6月	美術梱包輸送業務を開始。
1958年8月	日本航空株式会社と代理店契約を締結し、国内航空貨物の取扱を開始。
1960年2月	国際航空混載貨物の取扱業務を開始。
1966年4月	一般港湾運送事業の営業を開始。
1973年1月	コンピュータ部門を分離し、ヤマトシステム開発株式会社を設立。
1976年1月	小口貨物の宅配システム「宅急便」を開始。
1981年9月	当社株式が東京証券取引所市場第一部に指定替えされる。
1982年10月	商号をヤマト運輸株式会社と改称。
1985年7月	引越を商品化した新サービスを開始。
1986年7月	ヤマトコレクトサービス株式会社(現ヤマトフィナンシャル株式会社)を設立。
1988年7月	日本初の低温管理による宅配システム「クール宅急便」を開始。
1996年12月	年末年始営業開始。365日営業となる。
1997年3月	「クロネコメール便」全国展開を開始。
1997年11月	小笠原諸島へのサービス開始により、宅急便の全国ネットワークが完成。
2003年4月	ロジスティクス事業の一部を分割し、ヤマトロジスティクス株式会社に承継。 海上フォワーディング事業、通関事業、美術品輸送事業および国際引越事業を分割し、ヤマトグローバルフレイト株式会社に承継。
2003年10月	引越事業を分割し、ヤマトホームコンビニエンス株式会社に承継。 自動車整備部門を分割し、ヤマトオートワークス株式会社に承継。
2004年10月	ヤマトロジスティクス株式会社、ヤマトパーセルサービス株式会社をヤマトグローバルフレイト株式会社に吸収合併し、同社をヤマトロジスティクス株式会社に社名変更。
2005年4月	ファインクレジット株式会社(現ヤマトクレジットファイナンス株式会社)に経営参加。
2005年11月	デリバリー事業およびその他すべての事業を分割し、ヤマト運輸分割準備株式会社(現ヤマト運輸株式会社)に承継。純粋持株会社となり、商号をヤマトホールディングス株式会社に変更。
2008年4月	ヤマト運輸株式会社のエキスプレス事業を分割し、ヤマトグローバルエキスプレス株式会社に承継。
2008年8月	ヤマトロジスティクス株式会社を、ロジスティクス事業等を行うヤマトロジスティクス株式会社、国際物流サービス事業等を行うヤマトグローバルロジスティクスジャパン株式会社に分割。
2010年1月	シンガポールおよび上海において宅急便事業を開始。
2011年2月	香港において宅急便事業を開始。
2011年9月	マレーシアにおいて宅急便事業を開始。
2012年11月	沖縄国際物流ハブを活用した、海外宅急便展開地域向け「国際宅急便」の最短翌日配達を開始。
2013年8月	総合物流ターミナル「厚木ゲートウェイ」を竣工。
2013年9月	総合物流ターミナル「羽田クロノゲート」を竣工。
2015年3月	「クロネコメール便」のサービスを廃止。
2015年4月	「宅急便コンパクト」、「ネコポス」、および新たな投函サービス「クロネコDM便」を発売。
2016年1月	マレーシア宅配大手GD EXPRESS CARRIER BHD.と業務・資本提携を締結。
2016年7月	ネオポストグループとの合弁会社Packcity Japan株式会社が、オープン型宅配ロッカー事業を開始。
2016年8月	サイアム・セメント・グループとタイ国内で宅急便サービスを提供する合弁会社の設立に合意。
2016年8月	マレーシアを本拠地とするクロスボーダー陸上幹線輸送会社OTLグループ3社の株式取得およびベト ナム事業取得に合意。
2016年9月	総合物流ターミナル「中部ゲートウェイ」を竣工。
2016年11月	広州市に本拠地をおく国際物流事業者 広州威時沛運集団有限公司への出資に合意。
2017年11月	総合物流ターミナル「関西ゲートウェイ」の稼働を開始。