| 年月 | 事項 |
| 1987年4月 | 日本国有鉄道改革法により、北海道旅客鉄道株式会社、東日本旅客鉄道株式会社、東海旅客鉄道株式会社、西日本旅客鉄道株式会社、四国旅客鉄道株式会社、九州旅客鉄道株式会社及び日本貨物鉄道株式会社が設立され、日本国有鉄道は日本国有鉄道清算事業団(現独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構)に移行 |
| 1988年3月 | 津軽海峡線(青函トンネル)開通 |
| 4月 | 本四備讃線(瀬戸大橋)開通 |
| 1991年5月 | 「企業理念」発表 |
| 1993年10月 | 潤滑油の保管、配送会社株式会社オー・エル・エスを設立 |
| 1994年11月 | 運転士の養成施設「中央研修センター」開設 |
| 1995年3月 | 文書類の保管・管理を専門に行うレコード・マネジメント・サービス事業を開始 |
| 10月 | 生活廃棄物輸送の営業開始(梶ヶ谷貨物ターミナル駅～末広町駅間) |
| 1996年10月 | 運輸大臣の懇談会として「JR貨物の完全民営化のための基本問題懇談会」設置 |
| 1998年3月 | 東海道線コンテナ輸送力増強工事(一期)完成 |
| 2000年4月 | コンテナ貨車・コンテナの番号自動読取システム導入 |
| 12月 | 武蔵野線・京葉線の貨物列車走行対応化事業の完成・営業開始 |
| 2002年3月 | 門司貨物拠点整備事業により、北九州貨物ターミナル駅がE&Sコンテナ荷役方式駅として開業 |
| 2003年3月 | 飯田町貨物駅跡地で開発を進めていたオフィス・商業施設・住宅の機能を備えた複合都市「アイガーデンエア」がグランドオープン |
| 2006年4月 | コンテナセンター、自動車代行駅の呼称をORS(オフレールステーション)に統一 |
| 2007年3月 | 山陽線鉄道貨物輸送力増強事業完成。日韓RAIL-SEA-RAILサービス開始 |
| 2010年6月 | 小名木川駅跡地に商業施設「Ario(アリオ)北砂」が開業 |
| 2011年3月 | 鹿児島線(北九州・福岡間)鉄道貨物輸送力増強事業完成 |
| 11月 | 海外鉄道コンサルティング会社(日本コンサルタンツ株式会社)をJR旅客・民鉄各社と共同設立 |
| 2013年3月 | 吹田貨物ターミナル駅開業、百済貨物ターミナル駅リニューアル開業。隅田川駅鉄道貨物輸送力増強事業竣工 |
| 2014年7月 | 日本運輸倉庫株式会社と株式会社飯田町紙流通センターが合併、日本運輸倉庫株式会社発足 |
| 2015年10月 | 株式会社ジェイアール貨物・不動産開発、東京貨物開発株式会社及びジェイアールエフ・パトロールズ株式会社が合併、株式会社ジェイアール貨物・不動産開発発足 |
| 2016年3月 | 北海道新幹線新青森～新函館北斗間開業により、新幹線との共用走行を開始 |
| 3月 | 日本フレートライナー株式会社と株式会社ジェイアール貨物・インターナショナルが合併、日本フレートライナー株式会社発足 |
| 4月 | 株式会社ジェイアール貨物・関西ロジスティクスと株式会社ジェイアール貨物・山陽ロジスティクスが合併、株式会社ジェイアール貨物・西日本ロジスティクス発足 |
| 10月 | 北海道ジェイアール物流株式会社と株式会社ジェイアール貨物・北海道ロジスティクスが合併、株式会社ジェイアール貨物・北海道物流発足 |
| 10月 | 株式会社ジェイアール貨物・北関東ロジスティクスと宇都宮ターミナル運輸株式会社が合併、株式会社ジェイアール貨物・北関東ロジスティクス発足 |
| 2017年3月 | 株式会社ジェイアール貨物・リサーチセンターが解散 |
| 2018年1月 | 日本オイルターミナル株式会社と株式会社オー・エル・エスが合併、日本オイルターミナル株式会社発足 |
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