有価証券報告書-第21期(2025/01/01-2025/12/31)

(5)【所有者別状況】

							2025年12月31日現在
区分	株式の状況(1単元の株式数100株)								単元未満株式の状況 (株)
	政府及び地方公共団体	金融機関	金融商品取引業者	その他の法人	外国法人等		個人その他	計
					個人以外	個人
株主数(人)	-	11	46	336	83	172	111,437	112,085	-
所有株式数 (単元)	-	143,099	50,012	202,398	48,186	819	919,873	1,364,387	160,560
所有株式数の割合(%)	-	10.49	3.67	14.83	3.53	0.06	67.42	100.00	-

(注)自己株式20,822株は、「個人その他」に208単元及び「単元未満株式の状況」に22株が含まれております。

①【株式の総数】

種類	発行可能株式総数(株)
普通株式	210,000,000
計	210,000,000

②【発行済株式】

種類	事業年度末現在発行数 (株) (2025年12月31日)	提出日現在発行数(株) (2026年3月23日)	上場金融商品取引所名又は登録認可金融商品取引業協会名	内容
普通株式	136,599,260	139,273,056	東京証券取引所 プライム市場	完全議決権株式であり、権利内容に何ら限定のない当社における標準となる株式であります。 また、単元株式数は100株であります。
計	136,599,260	139,273,056	-	-

(注)1.2026年1月1日から2026年2月28日までの間に、転換社債型新株予約権付社債の新株予約権の行使により、発行済株式の総数が2,673,796株増加しております。
2.「提出日現在発行数」欄には、2026年3月1日からこの有価証券報告書提出日までの新株予約権の行使により発行された株式数は含まれておりません。

①【ストックオプション制度の内容】
当社はストック・オプション制度を採用しております。当該制度は、会社法第236条、第238条及び第239条の規定に基づき新株予約権を発行する方法によるものです。当該制度の内容は、次のとおりであります。

	第9回新株予約権	第10回新株予約権
決議年月日	2023年2月27日	2025年4月10日
付与対象者の区分及び人数(名)	当社の取締役 3 当社グループの取締役 5 当社の従業員 47	当社の執行役員 (取締役兼務執行役員を除く) 及び従業員 173
新株予約権の数(個)※	11,448[11,438](注)1	9,582[9,428](注)1
新株予約権の目的となる株式の種類、内容及び数(株)※	普通株式 1,144,800[1,143,800](注)2	普通株式 958,200[942,800](注)2
新株予約権の行使時の払込金額(円)※	946(注)3	500(注)3
新株予約権の行使期間 ※	自 2027年4月1日 至 2037年3月31日	自 2027年4月11日 至 2035年4月10日
新株予約権の行使により株式を 発行する場合の株式の発行価格及び 資本組入額(円)※	発行価格 946 資本組入額 473	発行価格 500 資本組入額 250
新株予約権の行使の条件 ※	(注)4	(注)5
新株予約権の譲渡に関する事項 ※	譲渡による新株予約権の取得については、当社取締役会の決議による承認を要するものとする。	譲渡による新株予約権の取得については、当社取締役会の決議による承認を要するものとする。
組織再編成行為に伴う新株予約権の 交付に関する事項 ※	(注)6	(注)6

※ 当事業年度の末日(2025年12月31日)における内容を記載しております。当事業年度の末日から提出日の前月末現在(2026年2月28日)にかけて変更された事項については、提出日の前月末現在における内容を[]内に記載しており、その他の事項については当事業年度の末日における内容から変更はありません。
(注)1.新株予約権1個当たりの目的である株式の数(以下「付与株式数」という。)は当社普通株式100株とする。
2.新株予約権の割当日後、当社が株式分割(当社普通株式の無償割当てを含む。以下同じ。)又は株式併合を行う場合、次の算式により調整されるものとする。ただし、かかる調整は、本新株予約権のうち、当該時点で行使されていない新株予約権の目的である株式の数についてのみ行われ、調整の結果生じる1株未満の端数については、これを切り捨てるものとする。
調整後付与株式数=調整前付与株式数×分割(又は併合)の比率
また、本新株予約権の割当日後、当社が合併、会社分割、株式交換、株式移転、株式交付又は資本金の額の減少を行う場合その他これらの場合に準じ付与株式数の調整を必要とする場合には、合理的な範囲で、付与株式数は適切に調整されるものとする。
3.新株予約権の割当日後、当社が株式分割又は株式併合を行う場合、次の算式により行使価額を調整し、調整による1円未満の端数は切り上げる。
1
調整後行使価額 = 調整前行使価額 × ―――――――――――
分割(又は併合)の比率
また、本新株予約権の割当日後、当社が当社普通株式につき時価を下回る価額で新株の発行又は自己株式の処分を行う場合(無償割当てによる場合を含む。)(ただし、株式報酬制度(譲渡制限付株式報酬制度、事後交付型株式報酬制度、従業員株式報酬制度を含むが、これに限られない。)に基づき株式を交付する場合、新株予約権(新株予約権付社債に付されたものを含む。)の行使、取得請求権付株式又は取得条項付株式の取得、その他当社普通株式の交付を請求できる権利の行使によって当社普通株式を交付する場合、及び会社分割、株式交換、株式交付又は合併により当社普通株式を交付する場合を除く。)、次の算式により行使価額を調整し、調整による1円未満の端数は切り上げる。

					既発行 株式数	+	新規発行 株式数	×	1株当たり 払込金額
	調整後 行使価額	=	調整前 行使価額	×			新規発行前の1株当たりの時価
					既発行株式数 + 新規発行株式数

なお、上記算式において「既発行株式数」とは、当社普通株式にかかる発行済株式総数から当社普通株式にかかる自己株式数を控除した数とし、また、当社普通株式にかかる自己株式の処分を行う場合には、「新規発行株式数」を「処分する自己株式数」に読み替えるものとする。また、上記算式において「新規発行前の1株当たりの時価」とは、調整後の行使価額が初めて適用される日に先立つ45取引日目に始まる30取引日の株式会社東京証券取引所における当社普通株式の普通取引の毎日の終値の平均値(終値のない日数を除く。)とする。
さらに、上記のほか、本新株予約権の割当日後、当社が合併、会社分割、株式交換、株式移転又は株式交付を行う場合、その他これらの場合に準じて行使価額の調整を必要とする場合には、当社は、合理的な範囲で適切に行使価額の調整を行うことができるものとする。
4.新株予約権の行使の条件
(1)新株予約権者は、当社の売上高、持分法による投資利益、持分法による投資損失及び調整後EBITDA(当社の有価証券報告書に記載される連結損益計算書(連結損益計算書を作成していない場合、損益計算書)における売上高、持分法による投資利益、持分法による投資損失及び当社の有価証券報告書において開示される調整後 EBITDA(一般に公正妥当と認められた会計基準に基づく営業利益に、経常的に発生する収益や非現金支出を反映させた、当社のキャッシュ・フロー創出力を示す指標であり、EBITDA(営業利益+のれん償却費及び減価償却費)+助成金収入+株式関連報酬+棚卸資産ステップアップ影響額、として算出するものとする。)(適用される会計基準の変更等により売上高、持分法による投資利益、持分法による投資損失又は調整後EBITDAの概念に重要な変更があった場合には、当社は合理的な範囲内において、別途参照すべき指標を取締役会にて定めるものとする。)をいう。以下同じ。)が、2026年12月期もしくは2027年12月期のいずれかの期において下記(a)に掲げる一定の水準を超過した場合、又は2028年12月期において下記(b)に掲げる一定の水準を超過した場合、割当てられた本新株予約権を、下記(a)又は(b)に掲げる各水準のいずれかを満たした期の有価証券報告書提出日が属する月の翌月1日から権利行使期間の末日までに行使することができる。ただし、行使可能な本新株予約権の数に1個未満の端数が生じる場合には、これを切り捨てた数とする。
(a)売上高:1,000億円
又は
調整後 EBITDA+持分法による投資利益-持分法による投資損失:80億円
(b)売上高:1,000億円
又は
調整後 EBITDA+持分法による投資利益-持分法による投資損失:100億円
(2)新株予約権者は、本新株予約権を行使するためには、その行使の時点まで継続して、当社又は当社関係会社の取締役、監査役、従業員又は当社取締役会が認めたこれに準ずる地位(以下、「従業員等の地位」という。)になければならず、割当を受けた後いったんでも従業員等の地位でなくなった場合には本新株予約権を行使することができない。ただし、下記(a)又は(b)に該当する場合はこの限りではない。
(a)任期満了による退任、定年退職、その他正当な理由があると当社取締役会が認めた場合
(b)新株予約権者が従業員等の地位にある間に死亡した場合であり、かつ、新株予約権者の相続人又は受遺者により、新株予約権者が死亡してから12ヶ月以内に権利行使される場合
(3)新株予約権者は、従業員等の地位にある場合であっても、故意に当社又は当社の関係会社における内部規律に違反した場合、不正行為により当社又は当社の関係会社に対して損害を与えた場合、又は営業秘密の漏洩その他の故意又は重過失による当社又は当社の関係会社に対する義務違反があった場合は、本新株予約権を行使できない。
(4)本新株予約権の行使によって、当社の発行済株式総数が当該時点における授権株式数を超過することとなるときは、当該本新株予約権の行使を行うことはできない。
(5)各本新株予約権1個未満の行使を行うことはできない。
5.新株予約権の行使の条件
(1)新株予約権者は、本新株予約権の割当日以降、行使期間の終了日に至るまでの間のいずれかの5連続取引日における、当社の普通株式の東京証券取引所における終値(同日に取引が成立していない場合は、それに先立つ直近取引日の終値)平均値(1円未満の端数は切り捨てる。)が1,000円(以下、「目標株価」という。)を超過するまでの間は、割当てられた本新株予約権のうち50%に相当する個数(1個未満の端数は切り捨てる。)を上限として本新株予約権を行使することができる。ただし、本新株予約権の割当日後、当社が株式分割又は株式併合を行う場合、次の算式により目標株価を調整し、調整による1円未満の端数は切り上げる。

調整後目標株価=調整前目標株価 ×	1
	分割(又は併合)の比率

(2)新株予約権者は、本新株予約権を行使するためには、その行使の時点まで継続して、当社又は当社関係会社の取締役、監査役、従業員又は当社取締役会が認めたこれに準ずる地位(以下、「従業員等の地位」という。)になければならず、割当を受けた後いったんでも従業員等の地位でなくなった場合には本新株予約権を行使することができない。ただし、任期満了による退任、定年退職、その他正当な理由があると当社取締役会が認めた場合はこの限りではない。
(3)新株予約権者は、従業員等の地位にある場合であっても、故意に当社又は当社の関係会社における内部規律に違反した場合、不正行為により当社又は当社の関係会社に対して損害を与えた場合、又は営業秘密の漏洩その他の故意又は重過失による当社又は当社の関係会社に対する義務違反があった場合は、本新株予約権を行使できない。
(4)本新株予約権の行使によって、当社の発行済株式総数が当該時点における授権株式数を超過することとなるときは、当該本新株予約権の行使を行うことはできない。
(5)各本新株予約権1個未満の行使を行うことはできない。
6.組織再編行為の際の新株予約権の取扱い
当社が、合併(当社が合併により消滅する場合に限る。)、吸収分割もしくは新設分割(それぞれ当社が分割会社となる場合に限る。)、又は株式交換もしくは株式移転(それぞれ当社が完全子会社となる場合に限る。)(以上を総称して以下、「組織再編行為」という。)を行う場合において、組織再編行為の効力発生日に新株予約権者に対し、それぞれの場合につき、会社法第236条第1項第8号イからホまでに掲げる株式会社(以下、「再編対象会社」という。)の新株予約権を以下の条件に基づきそれぞれ交付することとする。ただし、以下の条件に沿って再編対象会社の新株予約権を交付する旨を、吸収合併契約、新設合併契約、吸収分割契約、新設分割計画、株式交換契約又は株式移転計画において定めた場合に限るものとする。
(1)交付する再編対象会社の新株予約権の数
新株予約権者が保有する、行使されていない本新株予約権の数と同一の数をそれぞれ交付する。
(2)新株予約権の目的である再編対象会社の株式の種類
再編対象会社の普通株式とする。
(3)新株予約権の目的である再編対象会社の株式の数
組織再編行為の条件等を勘案の上、上記2に準じて決定する。
(4)新株予約権の行使に際して出資される財産の価額
交付される各新株予約権の行使に際して出資される財産の価額は、組織再編行為の条件等を勘案の上、上記3で定められる行使価額を調整して得られる再編後行使価額に、上記5.(3)に従って決定される当該新株予約権の目的である再編対象会社の株式の数を乗じた額とする。
(5)新株予約権を行使することができる期間
本新株予約権の定める行使期間の初日と組織再編行為の効力発生日のうち、いずれか遅い日から本新株予約権に定める行使期間の末日までとする。
(6)新株予約権の行使により株式を発行する場合における増加する資本金及び資本準備金に関する事項
①本新株予約権の行使により株式を発行する場合における増加する資本金の額は、会社計算規則第17条第1項に従い算出される資本金等増加限度額の2分の1の金額とする。計算の結果1円未満の端数が生じたときは、その端数を切り上げるものとする。
②本新株予約権の行使により株式を発行する場合における増加する資本準備金の額は、上記①記載の資本金等増加限度額から、上記①に定める増加する資本金の額を減じた額とする。
(7)譲渡による新株予約権の取得制限
譲渡による取得の制限については、再編対象会社の取締役会の決議による承認を要するものとする。
(8)その他新株予約権の行使の条件
上記4に準じて決定する。
(9)新株予約権の取得事由及び条件
①当社が消滅会社となる合併契約、当社が分割会社となる会社分割についての分割契約もしくは分割計画、又は当社が完全子会社となる株式交換契約もしくは株式移転計画について株主総会の承認(株主総会の承認を要しない場合には取締役会決議)がなされた場合は、当社は、当社取締役会が別途定める日の到来をもって、本新株予約権の全部を無償で取得することができる。
②当社は、新株予約権の割当を受けた者が、上記4により、新株予約権の全部又は一部の権利を行使できなくなった場合は、当社取締役会が別途定める日に、権利行使できなくなった当該新株予約権を無償で取得することができる。
(10)その他の条件については、再編対象会社の条件に準じて決定する。

②【ライツプランの内容】
該当事項はありません。

(3)【行使価額修正条項付新株予約権付社債券等の行使状況等】
該当事項はありません。

(4)【発行済株式総数、資本金等の推移】

年月日	発行済株式総数増減数(株)	発行済株式総数残高(株)	資本金増減額(百万円)	資本金残高(百万円)	資本準備金増減額(百万円)	資本準備金残高(百万円)
2020年12月24日 (注)1	12,940	93,166,262	5	7,328	5	2,234
2021年3月1日 (注)2	2,061,600	95,227,862	-	7,328	1,828	4,063
2021年4月22日 (注)3	14,532,200	109,760,062	6,550	13,878	6,550	10,613
2021年7月6日 (注)1	22,624	109,782,686	9	13,888	9	10,623
2021年12月31日 (注)2	1,379,200	111,161,886	-	13,888	979	11,602
2022年1月11日 (注)1	45,652	111,207,538	16	13,905	16	11,618
2022年5月20日 (注)1	82,388	111,289,926	36	13,941	36	11,655
2022年6月24日 (注)1	18,934	111,308,860	7	13,949	7	11,663
2022年7月1日 (注)2	1,724,100	113,032,960	-	13,949	1,617	13,281
2022年9月26日 (注)1	39,345	113,072,305	20	13,970	20	13,301
2022年12月23日 (注)1	33,150	113,105,455	15	13,985	15	13,316
2023年2月6日 (注)4	3,208,500	116,313,955	1,499	15,485	1,499	14,816
2023年3月20日 (注)5	221,899	116,535,854	104	15,589	104	14,921
2023年3月20日 (注)1	30,950	116,566,804	14	15,604	14	14,935
2023年3月28日 (注)6	464,000	117,030,804	213	15,818	213	15,149
2023年5月26日 (注)1	29,661	117,060,465	13	15,831	13	15,162
2023年9月29日 (注)1	90,197	117,150,662	36	15,867	36	15,198
2024年2月1日 (注)2	17,518,125	134,668,787	-	15,867	10,615	25,814
2024年3月19日 (注)7	-	134,668,787	-	15,867	△9,396	16,418
2024年4月25日 (注)5	139,963	134,808,750	37	15,905	37	16,456
2024年4月25日 (注)1	1,502,701	136,311,451	400	16,305	400	16,856
2024年10月3日 (注)1	100,535	136,411,986	25	16,331	25	16,882
2025年6月2日 (注)1	187,274	136,599,260	42	16,373	42	16,924

(注)1. 株式報酬としての新株発行による増加であります。
2. 株式交換に伴う新株発行による増加であります。
3.海外募集による新株発行による増加であります。
4.有償第三者割当増資
発行価格 935円
資本組入額 467.5円
割当先 株式会社丸井グループ、ロート製薬株式会社
5.事後交付型株式報酬としての新株発行による増加であります。
6. 新株予約権の行使による増加であります。
7.2024年3月19日開催の第19期定時株主総会において、資本準備金の額の減少及び剰余金の処分に関する決議の承認を受け、2024年3月19日付けで資本準備金が9,396百万円減少しております。
8.2026年1月23日付で第1回無担保転換社債型新株予約権付社債のうち20個の新株予約権行使があり、発行済株式総数が2,673,796株、資本金及び資本準備金がそれぞれ1,000百万円増加しております。
9.2026年3月24日開催の第21期定時株主総会において、資本準備金の額を13,000百万円減少し、同額をその他資本剰余金に振り替えることが決議事項となっております。

①【発行済株式】

				2025年12月31日現在
区分	株式数(株)		議決権の数(個)	内容
無議決権株式		-	-	-
議決権制限株式(自己株式等)		-	-	-
議決権制限株式(その他)		-	-	-
完全議決権株式(自己株式等)	普通株式	20,800	-	-
完全議決権株式(その他)	普通株式	136,417,900	1,364,179	完全議決権株式であり、権利内容に何ら限定のない当社における標準となる株式であります。 また、単元株式数は100株であります。
単元未満株式	普通株式	160,560	-	-
発行済株式総数		136,599,260	-	-
総株主の議決権		-	1,364,179	-

②【自己株式等】

				2025年12月31日現在
所有者の氏名又は名称	所有者の住所	自己名義所有株式数(株)	他人名義所有株式数(株)	所有株式数の合計(株)	発行済株式総数に対する所有株式数の割合(%)
株式会社ユーグレナ	東京都港区芝5-29-11	20,800	-	20,800	0.02
計	-	20,800	-	20,800	0.02