当社は、1915年7月に木場栄熊がマルフォード社(米国)と日本代理店契約を結び、大阪市東区道修町にマルホ商店を創業したことに始まります。その後、事業を拡大するため、1920年4月に合資会社マルホ商店を設立し、さらに1939年12月に設立した株式会社マルホ商店が1940年2月に事業を引き継ぎました。しかしながら、戦時の企業整備令により和協製薬株式会社と統合し、1944年2月に株式会社マルホ商店を解散しました。
以後の沿革は、以下のとおりであります。

1949年10月	木場栄熊らが大阪市東区道修町に株式会社マルホ商店を設立し、事業を再開
1963年8月	大淀研究所を開設
1963年9月	大淀工場を竣工
1965年10月	社名を現在のマルホ株式会社に変更
1967年7月	新 大淀工場を竣工、大淀工場を大淀研究所に改築
1972年3月	彦根工場を竣工
1972年11月	新 大淀工場を新 大淀研究所に改築、大淀研究所を新 大淀研究所分室と改称
1998年10月	中央研究所(現 京都R&Dセンター医薬開発研究所)を開設し、研究所を集約 これに伴い、新 大淀研究所を閉鎖
2005年7月	ヤツデ株式会社を株式の取得により子会社化
2006年2月	京都R&Dセンター内に創剤技術研究所を開設
2006年11月	ロンドン支店を開設
2008年6月	デュッセルドルフ駐在員事務所を開設
2009年9月	東京開発事務所を開設
2009年10月	ニューヨーク駐在員事務所を開設
2010年11月	長浜工場を竣工
2011年5月	Maruho North America Inc.(米国)を設立し、同年10月にニューヨーク駐在員事務所を現地法人化
2011年12月	Maruho Europe Ltd.(イギリス)を設立し、翌年4月にロンドン支店を現地法人化(2016年12月清算)
2012年2月	Cutanea Life Sciences, Inc.(米国)を株式の取得により子会社化
2013年3月	Maruho Deutschland GmbH(ドイツ)を設立し、同年4月にデュッセルドルフ駐在員事務所を現地法人化
2013年12月	マルホ発條工業株式会社を株式の取得等により子会社化
2014年2月	立山製薬工場株式会社を設立し、同年3月に前田薬品工業株式会社より医薬品製造事業の一部を譲受
2014年4月	ヤツデ株式会社の保険調剤薬局事業をスズケングループに譲渡し、同年9月に同社の清算を結了
2015年9月	立山製薬工場株式会社を株式追加取得により完全子会社化
2015年10月	Cutanea Life Sciences, Inc.とMaruho North America Inc.を、Cutanea Life Sciences, Inc.を存続会社として吸収合併
2016年2月	マルホ創業家(高木家)とともに一般財団法人マルホ・高木皮膚科学振興財団を設立(同年8月に内閣府より公益財団法人として認定)
2016年11月	彦根工場敷地内に治験薬製造棟を竣工
2017年2月	Newcon Ventures合同会社を設立
2019年3月	Cutanea Life Sciences, Inc.の全株式をBiofrontera AGの子会社Biofrontera Newderm LLCに譲渡
2019年4月	彦根工場敷地内に危険物製剤製造棟と完全独立構造の一般製剤製造棟を竣工
2019年6月	Maruho America Inc.(米国)を設立
2020年3月	株式会社ローマン工業を株式の取得により子会社化