当社は、大正4年7月に木場栄熊がマルフォード社(米国)と日本代理店契約を結び、大阪市東区道修町にマルホ商店を創業したことに始まります。その後、事業を拡大するため、大正9年4月に合資会社マルホ商店を設立し、さらに昭和14年12月に設立した株式会社マルホ商店が昭和15年2月に事業を引き継ぎました。しかしながら、戦時の企業整備令により和協製薬株式会社と統合し、昭和19年2月に株式会社マルホ商店を解散しました。
以後の沿革は、以下のとおりであります。

昭和24年10月	木場栄熊らが大阪市東区道修町に株式会社マルホ商店を設立し、事業を再開
昭和38年8月	大淀研究所を開設
昭和38年9月	大淀工場を竣工
昭和40年10月	社名を現在のマルホ株式会社に変更
昭和42年7月	新 大淀工場を竣工、大淀工場を大淀研究所に改築
昭和47年3月	彦根工場を竣工
昭和47年11月	新 大淀工場を新 大淀研究所に改築、大淀研究所を新 大淀研究所分室と改称
平成10年10月	中央研究所(現 京都R&Dセンター医薬開発研究所)を開設し、研究所を集約 これに伴い、新 大淀研究所を閉鎖
平成17年7月	ヤツデ株式会社を株式の取得により子会社化
平成18年2月	京都R&Dセンター内に創剤技術研究所を開設
平成18年11月	ロンドン支店を開設
平成20年6月	デュッセルドルフ駐在員事務所を開設
平成21年9月	東京開発事務所を開設
平成21年10月	ニューヨーク駐在員事務所を開設
平成22年11月	長浜工場を竣工
平成23年5月	Maruho North America Inc.(米国)を設立し、同年10月にニューヨーク駐在員事務所を現地法人化
平成23年12月	Maruho Europe Ltd.(イギリス)を設立し、翌年4月にロンドン支店を現地法人化
平成24年2月	Cutanea Life Sciences, Inc.(米国)を株式の取得により子会社化
平成25年3月	Maruho Deutschland GmbH(ドイツ)を設立し、同年4月にデュッセルドルフ駐在員事務所を現地法人化
平成25年12月	マルホ発條工業株式会社を株式の取得等により子会社化
平成26年2月	立山製薬工場株式会社を設立し、同年3月に前田薬品工業株式会社より医薬品製造事業の一部を譲受
平成26年4月	ヤツデ株式会社の保険調剤薬局事業をスズケングループに譲渡し、同年9月に同社の清算を結了