当社(実質上の存続会社 ㈱ファンケル化粧品、1985年11月28日設立、本店所在地 横浜市戸塚区(現 栄区)、1株の額面金額50,000円)の前身は、ジャパンファインケミカル販売㈱(1981年8月18日設立、代表取締役社長 池森賢二)であります。当社は1986年1月1日にジャパンファインケミカル販売㈱より、同社の化粧品事業に関する営業権を譲り受け、同社の実質的な業務を全面的に承継いたしました。
その後、株式の額面金額を変更するため1993年3月1日を合併期日として、当社および㈱ポルネット(1986年1月18日設立、本店所在地 横浜市戸塚区(現 栄区))は、㈱神奈川中央精米センター(形式上の存続会社 1982年5月13日設立、本店所在地 神奈川県海老名市、1株の額面金額500円)に吸収合併されました。合併前の㈱神奈川中央精米センターは休眠状態にあり、合併後におきましては、当社の事業を全面的に承継しております。また、1996年4月1日付で当社は㈱ファンケル美研(1969年9月16日設立、本店所在地 千葉県流山市)を吸収合併いたしました。
従いまして、実質上の存続会社は、ジャパンファインケミカル販売㈱および㈱ファンケル化粧品であり、以下の記載事項につきましては、特段の記述がない限り、営業権譲渡まではジャパンファインケミカル販売㈱、1993年3月1日の合併期日までは㈱ファンケル化粧品について記載しております。

(注) 1 1986年1月18日に㈱ファンケル販売として設立。1990年8月30日に㈱ポルネットに商号変更。
2 1969年9月16日に㈱甲仁薬品として設立。1981年2月1日に㈱東美コスメチックに商号変更。
1982年6月10日に㈱ファンケルに商号変更。1982年8月23日に㈱ファンケル美容研究所に商号変更。
1989年10月21日に㈱ファンケル美研に商号変更。

年月	沿革
1981年8月	横浜市戸塚区(現 栄区)上郷町1740番地85に、ジャパンファインケミカル販売㈱(資本金15百万円)を設立、化粧品の通信販売を開始。
1982年7月	商号を㈱ファンケルに変更。
12月	無添加基礎化粧品(5mLバイヤル瓶入り)の販売を開始。
1986年1月	化粧品の製造販売、貴金属および骨董品の売買などを目的とする㈱ファンケル化粧品(1985年11月設立、資本金10百万円)に営業権を譲渡し、本社を横浜市戸塚区(現 栄区)上郷町1291番地に移転。以後は㈱ファンケル化粧品が実質的な業務を承継。㈱ファンケルは不動産の管理賃貸および出版業に目的を変更。
1987年12月	ニコスター㈱(1984年9月設立)を100%子会社化。
1989年4月	横浜市栄区飯島町109番地1に本社を移転。
1991年5月	㈱ポルネット(1986年1月設立)および㈱アテニア(1989年2月設立:連結子会社)を100%子会社化。
10月	㈱ファンケルを吸収合併。
12月	㈱神奈川中央精米センター(1982年5月設立)を100%子会社化し、同社の商号を㈱ファンケルに変更。
1993年3月	株式の額面金額を50,000円から500円に変更するため、㈱ファンケル化粧品と㈱ポルネットを㈱ファンケルに吸収合併。以後は㈱ファンケルが形式上の存続会社になり、両社の業務を承継。
12月	横浜市栄区にフードサプリメント事業部飯島工場(現 ㈱ファンケル美健 横浜工場)を設置。
1994年1月	沖縄県那覇市に初のショールームを設置。
2月	栄養補助食品28品目の通信販売を開始。
3月	横浜市栄区に化粧品研究センターを設置し、製品の研究および開発体制の強化を図る。
1995年3月	静岡県静岡市に初のアンテナショップ「ファンケルハウス」を出店し、店舗販売の実験を開始。
1996年4月	当社の化粧品製造を行っていた㈱ファンケル美研(1969年9月設立、現 ㈱ファンケル美健 千葉工場)を吸収合併。製販一体体制を確立。
4月	返品および交換の無期限保証制度を導入。
10月	香港のFantastic Natural Cosmetics Limitedと提携し、同社に香港における化粧品および栄養補助食品の販売権を供与。
1997年1月	お客様から指定された場所に製品を配達する「置き場所指定お届け」サービスを開始。
7月	米国に100%子会社FANCL INTERNATIONAL,INC.を設立。
1998年5月	基礎化粧品の容器をバイヤル瓶からペン樹脂製容器に変更。
11月	日本証券業協会の店頭登録銘柄として株式を公開。
1999年2月	障害者を雇用する100%子会社㈱ファンケルスマイル(特例子会社)を設立。
3月	横浜市戸塚区に中央研究所(現 総合研究所)を設置し、化粧品研究センターと食品科学研究所を統合。
4月	神奈川県三浦郡葉山町に湘南研修センターを設置。
6月	千葉工場で品質管理に関する国際規格ISO9002を認証取得。(2000年11月 ISO9001へ移行)
7月	セブン-イレブンでの専用什器による栄養補助食品の販売開始。
8月	㈱ファンケルドーマー(㈱ファンケル発芽玄米:2018年3月まで連結子会社)を設立、発芽米事業へ進出。
12月	東京証券取引所市場第一部に上場。
2000年3月	シンガポールに100%子会社FANCL ASIA (PTE) LTD(連結子会社)を設立。
11月	品質マネジメントシステムの国際規格ISO9001を認証取得。(2015年11月 認証を返上)
2001年7月	栄養補助食品製造部門の営業権をニコスター㈱に譲渡。
12月	横浜市中区山下町89番地1に本社を移転。
2002年4月	㈱ファンケル発芽玄米が長野県東御市に長野工場を設置。
10月	100%子会社㈱ファンケル美健(連結子会社)を設立。
11月	環境マネジメントシステムの国際規格ISO14001を認証取得。(2014年11月 認証を返上)
2003年4月	東京都中央区銀座にファンケルスクエア(現 ファンケル銀座スクエア)を設置。
9月	㈱ファンケル美健が滋賀県蒲生郡に滋賀工場を設置。
2004年4月	栄養補助食品と医薬品の飲み合わせに関する「SDI」サービス開始。

年月	沿革
2005年4月	㈱ファンケル美健が当社会社分割により千葉工場を承継。
10月	㈱ファンケル美健 横浜工場が健康補助食品GMP適合認証を取得。
2006年12月	佐賀県に直営店舗を出店。通信販売を主体とする企業で初めて、全国47都道府県すべてに直営店舗出店となる。
2008年1月	米国にFANCL INTERNATIONAL,INC.の100%子会社boscia,LLCを設立。
7月	ニコスター㈱がニコスタービューテック㈱(以下、(旧)ニコスタービューテック㈱)を設立。
8月	千葉県柏市にファンケル関東物流センターを設置。
2009年11月	(旧)ニコスタービューテック㈱がニコスター㈱を吸収合併。
2013年12月	(旧)ニコスタービューテック㈱は、2013年10月1日に設立したニコスタービューテック㈱(連結子会社)へ化粧品事業を吸収分割により承継。㈱ファンケル美健が(旧)ニコスタービューテック㈱を吸収合併。
2014年4月	化粧品部門および健康食品部門を会社分割(簡易新設分割)し、新設会社を㈱ファンケル化粧品および㈱ファンケルヘルスサイエンスとする持株会社体制へ移行。
9月	健康食品の定期お届けサービス「健康・得楽便」(現 ファンケル定期便)を開始。
2015年4月	FANCL INTERNATIONAL,INC.およびboscia,LLCを連結子会社に変更。
2016年5月	横浜市戸塚区に第二研究所を設置。
10月	㈱ファンケル美健が千葉県流山市に千葉サプリメント工場を設置。
2017年4月	当社を存続会社として、当社の完全子会社であった㈱ファンケル化粧品および㈱ファンケルヘルスサイエンスを2017年4月1日付で吸収合併。
2018年3月	㈱ファンケル美健は、㈱ファンケル発芽玄米の発芽米製造機能を吸収分割により2018年3月31日付で承継。当社は同日に㈱ファンケル発芽玄米を吸収合併。
2019年8月	キリンホールディングス㈱と資本業務提携契約を締結。
2020年1月	㈱ファンケル美健の100%子会社㈱ファンケルラボ(連結子会社)を設立。
2020年3月	㈱ファンケル美健が千葉県流山市に「マイルドクレンジング オイル」専用工場を設置。
2021年4月	㈱ファンケルの100%子会社㈱ネオエフ(連結子会社)を設立。
4月	㈱ファンケル美健が静岡県三島市にサプリメント専用工場を設置。
6月	大阪府門真市にファンケル関西物流センターを設置。
2022年4月	東京証券取引所の市場区分の見直しにより市場第一部からプライム市場へ移行。