戦時下、出版物の配給機構を一元的に掌握してきた日本出版配給㈱(日配)が、1949年3月閉鎖機関に指定されましたが、出版物普及という文化的使命からも取次機関の存在は不可欠であるため日配に代わる新販売会社の設立構想が生じました。
当社はその一つとして出版・取次・小売の三者を中心とした各方面の協力により設立発起人18名をもって設立が企画され、1949年9月、資本金5百万円をもって発足いたしました。

1949年9月	日本出版販売㈱を設立。資本金5百万円、従業員数388名をもって創業。
1949年10月	初の支店を名古屋に開設。以降、九州・大阪・北海道など全国各地に地方拠点を拡大。
1954年4月	本社社屋を現在地に設置。
1961年1月	お茶の水商事㈱を設立。
1970年9月	王子営業所(現 王子流通センター)を開設。
1977年7月	日本アイ・ピー・エス㈱(現 日販アイ・ピー・エス㈱)を設立。
1978年12月	ジャパンコンピュータテクノロジイ㈱(現 日販テクシード㈱)を設立。
1981年9月	本社新社屋落成。
1986年12月	決算日を3月31日に変更。
1991年1月	CVS流通センター(現 CVS営業所)を開設。
1996年12月	ねりま流通センターを開設。
2002年4月	他取次と返品協業会社、出版共同流通㈱を設立。
2003年7月	㈱リブロを子会社化。
2006年4月	カルチュア・コンビニエンス・クラブ㈱とTSUTAYA向け商物流事業を統合し、㈱MPDを会社分割により設立。
2006年7月	㈱MPDを存続会社として、日本メディアリンク㈱及び日本ソフトサービス㈱の3社を合併。
2007年11月	㈱いまじん(現 ㈱いまじん白揚)を関連会社化(2014年5月子会社化)。
2009年4月	日販運輸㈱を存続会社として、日販製函㈱及びトライネットエンタテインメント㈱の3社を合併。商号を日販物流サービス㈱に変更。
2011年8月	書籍通販サイト「HonyaClub.com」開設。
2014年1月	㈱ダルトンを子会社化。
2016年1月	㈱Y・spaceを設立。
2016年7月	㈱クリエイターズギルド(2017年4月連結範囲除外)が新設分割により㈱ファンギルドを設立。
2017年4月	㈱ブラスメディアコーポレーションを存続会社として㈱すばる・㈱MeLTSを吸収合併し、商号をブラス㈱に変更。
2017年4月	㈱ASHIKARIを新設分割にて設立、2018年8月ブックホテル「箱根本箱」を開業。
2018年2月	中三エス・ティ㈱を子会社化。
2018年6月	そら植物園㈱と合弁で日本緑化企画㈱を設立。
2018年12月	入場料のある本屋「文喫 六本木」開業。
2019年4月	㈱トーハンと出版物流において協業することを合意、2020年11月雑誌返品協業を開始。
2019年10月	当社の商号を日販グループホールディングス㈱に変更、ホールディングス体制に移行。取次事業を日本出版販売㈱(㈱日本出版販売準備会社から商号変更)へ承継。システム部門を日販テクシード㈱(日販コンピュータテクノロジイ㈱から商号変更)に移管。
2020年4月 2020年4月	日販セグモ㈱を設立。日本出版販売㈱よりエンタメ事業を承継。 お茶の水商事㈱を、日販ビジネスパートナーズ㈱に商号変更。
2023年7月	学研ステイフルを子会社化。学研ホールディングス㈱との合弁事業を開始。
2023年10月	㈱紀伊國屋書店、カルチュア・コンビニエンス・クラブ㈱と、共同出資会社㈱ブックセラーズ&カンパニーを設立。 出資比率_㈱紀伊國屋書店 40%、カルチュア・コンビニエンス・クラブ㈱ 30%、日本出版販売㈱ 30%
2023年10月	㈱MPDがカルチュア・コンビニエンス・クラブ㈱よりFC事業を承継し、㈱カルチュア・エクスペリエンスと商号変更。
2023年10月	NICリテールズ㈱がNIC㈱に商号変更。ブラス㈱、㈱リブロプラス、㈱積文館書店、㈱Y・spaceの4社を合併し、新たにNICリテールズ㈱を設立。