戦時下、出版物の配給機構を一元的に掌握してきた日本出版配給㈱(日配)が、1949年3月閉鎖機関に指定されましたが、出版物普及という文化的使命からも取次機関の存在は不可欠であるため日配に代わる新販売会社の設立構想が生じました。
当社はその一つとして出版・取次・小売の三者を中心とした各方面の協力により設立発起人18名をもって設立が企画され、1949年9月、資本金5百万円をもって発足いたしました。

1949年9月	日本出版販売㈱を設立。資本金5百万円、従業員数388名をもって創業。
1949年10月	初の支店を名古屋に開設。以降、九州・大阪・北海道など全国各地に地方拠点を拡大。
1954年4月	本社社屋を現在地に設置。
1961年1月	お茶の水商事㈱設立。
1969年8月	日販運輸㈱設立。資本金8百万円にて発足。
1970年9月	王子営業所(現 王子流通センター)開設。
1971年5月	日販製函㈱設立。資本金5百万円にて発足。
1977年7月	日本アイ・ピー・エス㈱(現 日販アイ・ピー・エス㈱)設立。資本金20百万円にて発足。
1978年12月	ジャパンコンピュータテクノロジイ㈱(現 日販テクシード㈱)設立。資本金25百万円にて発足。
1981年9月	本社新社屋落成。1983年7月第2期工事完成。
1986年12月	決算日を3月31日に変更。
1991年1月	CVS流通センター(現 CVS営業所)開設。
1996年12月	ねりま流通センター開設。
1999年8月	㈱積文館書店を子会社化。
2002年4月	他取次と返品協業会社、出版共同流通㈱を設立。資本金100百万円にて発足。
2003年7月	㈱リブロを子会社化。
2006年4月	カルチュア・コンビニエンス・クラブ㈱とTSUTAYA向け商物流事業を統合し、㈱MPDを会社分割により設立。資本金10百万円にて発足。
2006年7月	㈱MPDを存続会社として、日本メディアリンク㈱及び日本ソフトサービス㈱の3社を合併。
2007年11月	㈱いまじん(現 ㈱いまじん白揚)を関連会社化(2014年5月 子会社化)。
2009年4月	日販運輸㈱を存続会社として、日販製函㈱及びトライネットエンタテインメント㈱の3社を合併。商号を日販物流サービス㈱に変更。
2013年9月	万田商事㈱を子会社化。
2014年1月	㈱ダルトンを子会社化。
2014年10月	㈱ブラスメディアコーポレーションを子会社化。
2015年11月	㈱あゆみBooksを子会社化。
2016年1月	㈱Y・space設立。資本金100百万円にて発足。
2016年7月	㈱クリエイターズギルド(2017年4月連結範囲除外)が新設分割により㈱ファンギルドを設立。資本金50百万円にて発足。
2016年10月	㈱文教堂グループホールディングスを関連会社化。
2017年4月	㈱ブラスメディアコーポレーションを存続会社として㈱すばる・㈱MeLTSを吸収合併し、商号をブラス㈱に変更。
2017年4月	㈱ASHIKARIを新設分割にて設立。資本金10百万円にて発足。
2017年10月	グループ書店を統括する中間持株会社として㈱BSM社(2015年4月設立)をNICリテールズ㈱に商号変更。
2017年12月	王子流通センターとweb-Bookセンター(2000年6月開設)を統合。
2018年1月 2018年2月 2018年6月 2018年9月 2019年4月 2019年10月 2020年4月 2020年4月	㈱東武ブツクス(2018年4月㈱クロス・ポイントに商号変更)を子会社化。 中三エス・ティ㈱を子会社化。 そら植物園㈱と合弁で日本緑化企画㈱を設立。資本金50百万円にて発足。 万田商事㈱を存続会社とし、㈱リブロ、㈱あゆみBooksを吸収合併、㈱リブロプラスに商号変更。 ㈱日本出版販売準備会社を設立。資本金100百万円にて発足。 当社の商号を日販グループホールディングス㈱に変更。また㈱日本出版販売準備会社を日本出版販売㈱に商号変更。 日販セグモ㈱を設立。資本金100百万円にて発足。日本出版販売㈱よりエンタメ事業を承継。 お茶の水商事㈱を、日販ビジネスパートナーズ㈱に商号変更。