クスリのアオキは、1869年に石川県において創業した薬種商をその前身としております。昭和に入り薬剤師免許を取得した青木信孝(前当社取締役会長青木桂生並びに現当社取締役最高顧問青木保外志の実父)が「青木二階堂薬局」の商号で石川県松任市(現白山市)の目抜き通りにおいて薬局営業を続け、業歴の長い老舗の薬局として近郊には広く知られる存在でありました。一方、前当社取締役会長青木桂生は1973年5月松任市駅前店舗を青木信孝より引継ぎ独立、当社取締役最高顧問青木保外志の参画を得て1976年6月有限会社青木二階堂薬局を設立、石川県松任市(現白山市)のショッピングセンターなどで薬局を経営しておりました。
この間、1975年に薬局立地の距離制限が撤廃され薬局間の競争が本格化しはじめたことや、小売業立地の変化(商店街立地→駅前立地→郊外型立地)など経営を取り巻く環境は大きく変化する中で、従来型の薬局経営には限界があること、これを打開するためには全く新しい業態(ドラッグストア)への進出が不可欠であるという認識に至りました。こうした経緯を経て、前当社取締役会長青木桂生及び当社取締役最高顧問青木保外志は1985年1月クスリのアオキ(資本金15,000千円、代表取締役社長青木桂生)を設立いたしました。
2016年11月、株式交換により株式会社クスリのアオキホールディングスがクスリのアオキを完全子会社としました。
また、株式会社クスリのアオキホールディングスが2020年6月、株式会社ナルックスを株式取得により子会社化、同年10月に株式会社フクヤを株式取得により子会社化いたしました。2021年5月には株式会社クスリのアオキが有限会社サン・フラワー・マリヤマを吸収合併し、同年6月に株式会社ナルックスが株式会社スーパーマルモのスーパーマーケット事業を会社分割(吸収分割)により承継いたしました。2022年3月に株式会社クスリのアオキが株式会社一二三屋、株式会社ホーマス・キリンヤ及び株式会社フードパワーセンター・バリューを吸収合併いたしました。さらに、2022年12月に株式会社クスリのアオキが株式会社三崎ストアーの食品スーパー事業を譲り受けました。加えて、2023年3月に株式会社クスリのアオキが株式会社サンエーの食品スーパー事業を譲り受けました。2023年10月に株式会社クスリのアオキが株式会社にしがきを引き受けました。2023年11月に有限会社中尾の食品スーパーマーケット事業を譲り受けました。2024年2月に株式会社クスリのアオキが株式会社スーパーよどばし及び株式会社ヒバリヤのスーパーマーケット事業を譲り受けました。2024年3月に株式会社クスリのアオキホールディングスが株式会社ママイを株式取得により子会社化し、株式会社クスリのアオキが株式会社ウッドペッカーのホームセンター事業を譲り受けました。

年月	事項
1985年1月	クスリのアオキを設立、資本金15,000千円、代表取締役社長青木桂生、本社所在地(石川県金沢市泉野出町4丁目322番地)
1986年3月	クスリのアオキが石川県1号店を金沢市に出店
1992年3月	クスリのアオキが本社移転(所在地 石川県松任市(現 白山市)博労町208番地)
1995年9月	クスリのアオキ本部兼集配センターを新設(石川県松任市(現 白山市)松本町2512番地)
1996年11月	クスリのアオキが株式会社青木二階堂薬局、株式会社草山商事を合併、合併による店舗引継ぎ5店舗 本社移転(所在地 石川県松任市(現 白山市)松本町2512番地)
1997年4月	クスリのアオキが富山県1号店を砺波市に出店(現 砺波店)
1997年9月	クスリのアオキが福井県1号店を福井市に出店(現 福井若杉店)
1997年11月	クスリのアオキがアルビス株式会社と共同出店等を目的とした業務提携・資本提携(2003年3月にアルビス株式会社との業務提携・資本提携解消)
1997年12月	クスリのアオキが株式会社ツルハと商品仕入等の相互協力を目的とした業務提携・資本提携
1998年3月	クスリのアオキがアルビス株式会社から営業譲受、営業譲受による店舗増4店舗
1999年7月	石川県白山市に有限会社二階堂を設立(現 株式会社クスリのアオキホールディングス)
2000年3月	クスリのアオキが株式会社ニチイ学館との業務提携
2000年3月	クスリのアオキが有限会社三和薬商から営業譲受、営業譲受による店舗増1店舗
2001年9月	クスリのアオキがイオンウエルシア株式会社(現 イオン商品調達株式会社)と商品の共同仕入等を目的とした業務提携(現 ハピコムグループ加入)
2003年1月	クスリのアオキがイオン株式会社と商品の共同開発等を目的とした業務提携・資本提携
2004年10月	クスリのアオキが売場面積400坪を超える大型店を新規出店では初めて石川県白山市に出店(現 北安田店)
2005年11月	クスリのアオキが新潟県1号店を上越市に出店(現 藤巻店)
2006年2月	クスリのアオキが東京証券取引所市場第二部に株式を上場
2006年10月	クスリのアオキが株式会社青木二階堂を設立
2007年3月	クスリのアオキが石川県金沢市での玉鉾店出店により、100店舗を達成
2008年8月	クスリのアオキが長野県1号店を長野市に出店(現 篠ノ井店)
2011年3月	クスリのアオキが東京証券取引所市場第一部銘柄に指定

年月	事項
2012年4月	クスリのアオキが群馬県1号店を伊勢崎市に出店(現 田部井店)
2012年5月	クスリのアオキが株式会社アクティーと商品物流効率の改善を目的とした合弁会社、株式会社A2ロジを設立
2012年11月	クスリのアオキが株式会社青木二階堂を清算
2013年6月	クスリのアオキが岐阜県1号店を岐阜市に出店(現 岐阜県庁南店)
2013年6月	クスリのアオキが岐阜県岐阜市での岐阜県庁南店出店により、200店舗を達成
2013年7月	クスリのアオキが岐阜県岐阜市での岐阜県庁南薬局開局により、100薬局を達成
2014年1月	クスリのアオキが滋賀県1号店を栗東市に2店舗同時出店(現 霊仙寺店・目川店)
2014年4月	クスリのアオキが愛知県1号店を一宮市に出店(現 東五城店)
2014年8月	クスリのアオキが埼玉県1号店を深谷市に出店(現 田谷店)
2015年2月	クスリのアオキが三重県1号店を津市に出店(現 津河芸店)
2016年2月	クスリのアオキが群馬県伊勢崎市での伊勢崎富塚店出店により、300店舗達成
2016年11月	クスリのアオキが栃木県1号店を鹿沼市に出店(現 東町店)
2016年11月	株式交換によりクスリのアオキを株式会社クスリのアオキホールディングスの完全子会社とする
2016年11月	クスリのアオキの持株会社として東京証券取引所市場第一部へ上場
2017年4月	クスリのアオキが奈良県1号店を生駒市に出店(現 真弓店)
2017年5月	クスリのアオキが京都府1号店を京都市に出店(現 久世南店)
2017年10月	クスリのアオキが茨城県1号店を龍ケ崎市に出店(現 寺後店)
2018年9月	クスリのアオキが千葉県1号店を四街道市に出店(現 四街道大日店)
2018年11月	クスリのアオキが福井県越前市での吉野店出店により、500店舗を達成
2019年4月	クスリのアオキが静岡県1号店を浜松市に出店(現 浜松北島店)
2019年5月	新本社稼働(石川県白山市横江町4街区1番)
2019年5月 2020年3月 2020年4月	クスリのアオキが福島県1号店を会津若松市に出店(現 城西町店) クスリのアオキが愛知県豊橋市での大岩店出店により、600店舗を達成 クスリのアオキが宮城県第1号店を柴田郡に出店(現 船迫店) クスリのアオキが岩手県第1号店を盛岡市に出店(現 盛岡中野店)
2020年6月 2020年10月 2020年11月 2021年4月	株式会社ナルックスを株式取得により子会社化 株式会社フクヤを株式取得により子会社化 クスリのアオキが山形県1号店を天童市に出店(現 中里店) クスリのアオキが山梨県笛吹市での石和広瀬店出店により当社グループ店舗数700店を達成
2021年5月	クスリのアオキが有限会社サン・フラワー・マリヤマを吸収合併
2021年6月	株式会社ナルックスが株式会社スーパーマルモのスーパーマーケット事業を会社分割により承継
2021年9月	クスリのアオキが大阪府1号店を大阪市に出店(現 住道矢田店)
2022年3月	クスリのアオキが株式会社一二三屋を吸収合併 クスリのアオキが株式会社ホーマス・キリンヤ及び株式会社フードパワーセンター・バリューを吸収合併
2022年12月	クスリのアオキが株式会社三崎ストアーの食品スーパー事業を譲受
2023年3月	クスリのアオキが株式会社サンエーの食品スーパー事業を譲受
2023年10月	クスリのアオキが株式会社にしがきを引き受け
2023年11月	クスリのアオキが有限会社中尾のスーパーマーケット事業を譲受
2024年2月	クスリのアオキが株式会社スーパーよどばしのスーパーマーケット事業を譲受 クスリのアオキが株式会社ヒバリヤのスーパーマーケット事業を譲受
2024年3月	株式会社ママイを子会社化 クスリのアオキが株式会社ウッドペッカーのホームセンター事業を譲受