| 1909年10月11日 | 三井銀行倉庫部より「東神倉庫株式会社」として分離独立、本店を東京に、支店を東京、神戸、門司に設置 |
| 1913年 | 横浜派出開業(1923年横浜支店となる) |
| 1917年8月 | 神戸桟橋会社の海上業務を買収し、港湾運送事業に進出 |
| 1918年1月 | 大阪倉庫会社を買収、大阪支店として営業を開始 |
| 1922年9月 | 名古屋出張所設置(1937年名古屋支店となる) |
| 1942年3月 | 社名を「三井倉庫株式会社」と改称 |
| 1944年 | 戦時体制下に発足した「日本倉庫統制㈱」に各地の主要施設を供出 |
| 1945年 | 日本倉庫統制㈱から供出施設及び業務の返還を受け、各支店とも営業を再開 |
| 1948年7月 | 大阪に「大正運輸㈱」設立(1967年現社名の「三井倉庫港運㈱」に改称)(現・連結子会社) |
| 1950年4月 | 東京証券取引所に株式を上場 |
| 1950年8月 | 福井に「是則倉庫運輸㈱」設立(1966年「福井三則倉庫運輸㈱」と改称、1992年現社名の「㈱ミツノリ」に改称)(現・連結子会社) |
| 1961年3月 | 北海道釧路に「北海三井倉庫㈱」を設立(2012年「北海三井倉庫ロジスティクス㈱」に改称)(現・連結子会社) |
| 1966年8月 | 自動車運送取扱業を開始 |
| 1968年3月 | 海上コンテナの取扱いと国内におけるコンテナ・ターミナルの運営を開始 |
| 1969年4月 | 貨物自動車運送業の免許取得、コンテナのトラック輸送開始 |
| 1977年12月 | 本店に国際部、プラント部設置、国際運送業務を本格展開 |
| 1979年8月 | シンガポールに「Mitsui-Soko (Singapore) Pte. Ltd.」設立(現・連結子会社) |
| 1982年6月 | IATA航空貨物代理店資格取得、航空貨物取扱業務を本格化 |
| 1982年12月 | 米国・ニューヨークに「Mitsui-Soko (U. S. A.) Inc.」設立(現・連結子会社) |
| 1984年11月 | 本店所在地を「東京都中央区日本橋箱崎町」から「中央区日本橋茅場町一丁目」に移転 |
| 1986年11月 | ビッグバッグ業務(トランクルーム保管、引越等の非商品対象業務)を開始 |
| 1988年2月 | シンガポールに「MITSUI-SOKO INTERNATIONAL PTE LTD」設立(現・連結子会社) |
| 1989年3月 | 「三井倉庫箱崎ビル」竣工、不動産賃貸業務を本格展開 |
| 1992年1月 | 本支店制を廃止し、本支社制(本社各部及び関東、中部、関西、九州各支社)とする |
| 2001年4月 | 九州支社を「三井倉庫九州㈱」として分社(現・連結子会社) |
| 2002年6月 | 本店所在地を「東京都中央区日本橋茅場町一丁目」から「東京都港区海岸三丁目」に移転 |
| 2004年4月 | 執行役員制度導入 |
| 2006年4月 | 本社にBPO事業推進部を設置、BPO(ビジネス・プロセス・アウトソーシング)事業を本格展開 |
| 2008年4月 | 本社に3PL推進部を設置、3PL(サード・パーティ・ロジスティクス)事業を本格展開 |
| 2009年10月 | 創立100周年を迎える |
| 2009年12月 | 自己株式1,500万株を消却(発行済株式総数を124,415,013株に減少) |
| 2010年4月 | 全社組織を改編し、事業部門制度を導入 |
| 2011年3月 | ジェイティービーエアカーゴ㈱の全株式を取得し、㈱三井倉庫エアカーゴに改称 |
| 2011年9月 | 本店所在地を「東京都港区海岸三丁目」から「東京都港区西新橋三丁目」に移転 |
| 2011年12月 | 中国におけるeコマースビジネスのための物流、商流インフラを構築、提供開始 |
| 2012年3月 | 中国に「三井倉庫(中国)投資有限公司」を設立 |
| 2012年4月 | 三洋電機ロジスティクス㈱の全株式を取得し、三井倉庫ロジスティクス㈱に改称 |
| 2012年7月 | ㈱三井倉庫エアカーゴとTASエクスプレス㈱を合併し、三井倉庫エクスプレス㈱に改称 |
| 2014年10月 | 持株会社制への移行に伴い、社名を「三井倉庫ホールディングス株式会社」と改称し、倉庫事業部門・港湾運送事業部門を「三井倉庫㈱」、及びBPO事業部門を「三井倉庫ビジネストラスト㈱」として分社化 |
| 2015年4月 | ソニーサプライチェーンソリューション㈱の株式を66%取得し、三井倉庫サプライチェーンソリューション㈱に改称 |
| 2015年11月 | 三井倉庫トランスポート㈱設立 |
| 2015年12月 | 三井倉庫トランスポート㈱が大阪に本社を置く丸協運輸㈱及び愛媛に本社を置く丸協運輸㈱並びにその他関係する会社4社の全株式を取得し、連結子会社化 |
| 2017年4月 | 三井倉庫ビジネストラスト㈱を吸収合併により三井倉庫㈱へ統合 |
| 2018年10月 | 普通株式を5対1の割合で併合し、単元株式を100株に変更 |
