当社の原点は、初代神谷傳兵衛(かみやでんべえ)が明治13年(1880)浅草花川戸に開業した「みかはや銘酒店」(のちの「神谷バー」)にまで遡ります。
その後、神谷傳兵衛は、明治33年(1900)日本酒精製造株式会社(工場は、のちの神谷酒造株式会社 旭川工場)を開設して民間初のアルコール製造を開始し、また明治36年(1903)には、日本のワイン醸造の1ページを飾るシャトーカミヤ(茨城県牛久市)を建設するなど、日本の産業の黎明期に国産アルコールと本格ワインづくりという2つの事業化を成し遂げました。

大正13年10月	北海道内の焼酎製造会社4社(神谷酒造株式会社 旭川工場、東洋酒精醸造株式会社、北海道酒類株式会社、北海酒精株式会社)が合併し、旭川市に合同酒精株式会社を設立、資本金111万円。
昭和21年7月	東北アルコール工業株式会社を合併し、八戸工場とする(平成25年2月廃止)。
昭和23年10月	子会社 旭商会株式会社を設立(平成4年10月株式会社牛久シャトーガーデンに商号変更(平成18年10月合同酒精が吸収合併))。 シャトーカミヤ(平成29年9月牛久シャトーに名称変更)の営業を開始(平成30年12月牛久シャトー内飲食物販事業廃止)。
昭和24年5月	東京証券取引所に株式を上場。
昭和30年11月	葵酒造株式会社を合併し、清水工場とする。
昭和31年5月	菊美酒造株式会社を合併し、東京工場とする。
昭和35年3月	子会社 旭川酒類容器株式会社を設立(昭和43年2月ゴードー商事株式会社に商号変更(平成20年1月合同酒精が吸収合併))。
10月	神谷酒造株式会社(昭和15年に浅草の株式会社神谷傳兵衛本店が改称)を合併し、吾妻橋洋酒工場とする(昭和38年10月東京工場に統合)。
10月	東京都中央区に東京事務所新社屋を建設(旧 オエノン銀座ビル)。
昭和36年12月	太陽醸造株式会社を合併し、芝浦工場とする(昭和38年10月東京工場に統合)。
昭和38年6月	本店の所在地を旭川市から東京都中央区に移転。
10月	3工場(吾妻橋洋酒工場、東京工場、芝浦工場)を集約し、松戸市に東京工場を建設。
昭和39年1月	東京工場内に中央研究所を建設(現 酵素医薬品研究所)。
3月	西宮酒精株式会社(昭和50年11月 ゴードー興産株式会社に商号変更)の株式を取得し、西宮工場とする(平成12年12月廃止)。
昭和43年11月	株式会社サニーメイズを設立(現 子会社)。
昭和45年3月	八戸工場内に酵素工場を建設(現 酵素医薬品工場)。
昭和54年10月	子会社 ゴードー倉庫株式会社を設立(現 ゴーテック株式会社)。
11月	子会社 株式会社ワコーを設立。
昭和55年2月	八戸工場に乳糖分解酵素(ラクターゼ)の製造設備を導入。
昭和57年1月	東京工場内に酒類食品研究所を設立(現 新商品開発センター)。
昭和62年6月	中央研究所に新研究棟を建設。
平成3年2月	雪印乳業株式会社と提携、資本金53億5千万円。
平成8年6月	東京工場内に関東物流センターを建設。
7月	シャトーカミヤ内に地ビール工場を建設(平成30年12月廃止)。
平成9年3月	子会社 みちのく食品株式会社を設立(平成15年8月全株式を譲渡)。
9月	旭川工場ISO9002認証取得。
平成10年6月	子会社 株式会社大雪乃蔵を設立(平成24年12月解散)。
10月	旭川工場内に焼酎原酒等の製造、貯蔵を行う酒類蔵を建設。
11月	子会社 株式会社ゴードーアセットコーポレーションを設立(現 株式会社オエノンアセットコーポレーション)。
12月	東京工場ISO9002認証取得。
平成11年7月	清水工場ISO9002認証取得。
平成12年1月	山信商事株式会社の株式を取得(令和元年10月合同酒精が吸収合併)。
3月	八戸工場ISO9002認証取得。
4月	酵素医薬品工場ISO9002認証取得。
平成13年1月	福徳長酒類株式会社の株式を取得(現 子会社)。同社及び同社子会社である秋田県醗酵工業株式会社を連結対象子会社とする。
1月	シャトーカミヤ内に神谷傳兵衛記念館を開業。
平成14年10月	ゴードー倉庫株式会社がゴードー興産株式会社と合併し、ゴーテック株式会社に商号変更(現 子会社)。

平成15年7月	持株会社体制に移行し、オエノンホールディングス株式会社に商号変更。新たに子会社 合同酒精株式会社を設立。
7月	富久娘酒造株式会社の株式を取得(現 子会社。平成30年1月オエノンプロダクトサポート株式会社に商号変更)。
11月	オエノン銀座ビル内にフレンチレストラン「le 6eme sens d'OENON(ル・シズィエム・サンス・ドゥ・オエノン)」を開店(平成25年6月閉店)。
平成16年2月	酵素医薬品工場内に第二精製棟を建設。
3月	酒類基礎研究所を韮崎工場隣接地に建設。
6月	オエノングループ名古屋事務所を建設。
9月	シャトーカミヤ内にレストラン「La Terrasse d'OENON(ラ・テラス・ドゥ・オエノン)」を開店(平成30年12月閉店)。
10月	韮崎工場ISO14001認証取得。
11月	東京工場内にクッキングラボを併設した多目的施設「CRAM studio d'OENON(クラム・ステュディオ・ドゥ・オエノン)」を開設。
平成17年4月	子会社である福徳長酒類株式会社から会社分割により秋田県醗酵工業株式会社の株式を取得(現 子会社)。
平成18年3月	酵素医薬品工場内に発酵棟を建設。
平成19年3月	北の誉酒造株式会社の株式を取得(平成28年1月合同酒精が吸収合併)。同社及び同社子会社である越の華酒造株式会社を連結対象子会社とする(平成30年12月解散)。
3月	オエノングループ関西事務所を建設(令和元年12月移転)。
11月	シャトーカミヤ及び北の誉酒造株式会社酒蔵が経済産業省より近代化産業遺産に認定。
平成20年6月	シャトーカミヤが文部科学省より国指定重要文化財に認定。
10月	久留米工場内に九州物流センターを建設。
平成21年3月	オエノングループ北海道事務所を開設。
4月	苫小牧工場(バイオエタノール技術実証プラント及び酒類原料用・工業用アルコール工場)を建設(平成27年3月バイオエタノール事業及びバイオエタノール技術実証プラント廃止)。
平成23年8月	オエノングループ広島事務所を開設。
9月	酵素医薬品工場が、乳糖分解酵素の製造及び配送について、ISO22000認証取得。
平成24年12月	シャトーカミヤ内にオエノン ミュージアムを開業。
平成28年2月	東京工場FSSC22000認証取得。
9月	韮崎工場FSSC22000認証取得
10月	オエノングループ松戸事務所を開設。
11月	久留米工場FSSC22000認証取得。
平成31年3月	牛久市と牛久シャトーの活用に関して包括連携協定を締結。
令和元年11月	東京都中央区から東京都墨田区に本社を移転。
12月	牛久市と牛久シャトーの賃貸借契約を締結。 灘工場内にオエノングループ新関西事務所を建設。
令和2年7月	牛久シャトーが文化庁により日本遺産(Japan Heritage)に認定。