当社の前身(大和運輸株式会社)は1919年11月29日東京市京橋区において資本金10万円をもって創立されました。1929年2月増資手続として第二大和運輸株式会社を設立し、同社は、大和運輸株式会社を合併するとともに商号を大和運輸株式会社と改称し、資本金25万円で発足しました。

1919年11月	東京市京橋区において資本金10万円、車両数4台で創立。
1929年4月	東京-横浜間に定期便を開始(わが国最初の路線事業)。
1949年5月	東京証券取引所の再開とともに株式を上場。
1950年3月	通運事業を開始。
1951年1月	C.A.T.(シヴィル・エア・トランスポート)航空と代理店契約を締結し、航空貨客の取扱を開始。
1952年1月	海上貨物取扱船積業務を開始。
1957年10月	大和商事株式会社(現ヤマトオートワークス株式会社)を設立。
1958年6月	美術品梱包輸送事業を開始。
1958年8月	日本航空株式会社と代理店契約を締結し、国内航空貨物の取扱を開始。
1960年2月	国際航空混載貨物の取扱を開始。
1966年4月 1973年1月 1976年1月	一般港湾運送事業の営業を開始。 コンピュータ部門を分離し、ヤマトシステム開発株式会社を設立。 小口貨物の宅配システム「宅急便」のサービスを開始。
1977年3月	極東リース株式会社(現ヤマトリース株式会社)を設立。
1980年3月	YAMATO TRANSPORT U.S.A., INC.(現米国ヤマト運輸株式会社)を設立。
1981年9月	当社株式が東京証券取引所の市場第一部に指定替え。
1982年10月 1985年7月	大和運輸株式会社からヤマト運輸株式会社に商号変更。 引越を商品化した新サービスを開始。
1985年9月 1986年7月	ヤマトホームサービス株式会社(現ヤマトホームコンビニエンス株式会社)を設立。 ヤマトコレクトサービス株式会社(ヤマトフィナンシャル株式会社)を設立。
1986年10月	オランダヤマト運輸株式会社(現欧州ヤマト運輸株式会社)を設立。
1988年7月 1996年12月	日本初の低温管理による宅配システム「クール宅急便」のサービスを開始。 宅急便の年末年始営業を開始。365日営業となる。
1997年3月 1997年11月 2002年1月 2003年4月	「クロネコメール便」の全国でのサービスを開始。 小笠原諸島へのサービス開始により、宅急便の全国ネットワークが完成。 ヤマト・スタッフ・サプライ株式会社を設立。 ロジスティクス事業の一部を分割し、ヤマトロジスティクス株式会社に統合。 海上フォワーディング事業、通関事業、美術品輸送事業および国際引越事業を分割し、ヤマトグローバルフレイト株式会社に統合。
	四国ヤマト運輸株式会社をヤマト運輸株式会社に統合。 九州ヤマト運輸株式会社をヤマト運輸株式会社に統合。
2003年10月	引越部門を分割し、ヤマトホームコンビニエンス株式会社に統合。 自動車整備部門を分割し、ヤマトオートワークス株式会社に統合。
2004年10月	ヤマトロジスティクス株式会社とヤマトパーセルサービス株式会社を吸収合併によりヤマトグローバルフレイト株式会社に統合し、同社をヤマトロジスティクス株式会社に商号変更。
2004年11月	グループ会社の経理・会計業務や人事業務を受託するヤマトマネージメントサービス株式会社を設立。
2005年4月	ファインクレジット株式会社(現ヤマトクレジットファイナンス株式会社)に経営参画。
2005年11月	純粋持株会社への移行に伴い、ヤマト運輸株式会社からヤマトホールディングス株式会社に商号変更。デリバリー事業などをヤマト運輸分割準備株式会社(現ヤマト運輸株式会社)に承継。
2008年4月	ヤマト運輸株式会社のエキスプレス事業を分割し、ヤマトグローバルエキスプレス株式会社に統合。
2008年8月	ヤマトロジスティクス株式会社を、ロジスティクス事業等を行うヤマトロジスティクス株式会社、国際物流サービス事業等を行うヤマトグローバルロジスティクスジャパン株式会社に分割。
2013年9月	総合物流ターミナル「羽田クロノゲート」を竣工。
2015年3月	「クロネコメール便」のサービスを廃止。
2015年4月	「宅急便コンパクト」「ネコポス」および新たな投函サービス「クロネコDM便」のサービスを開始。
2016年1月	マレーシア宅配大手のGD EXPRESS CARRIER BHD.(現GDEX BHD.)と業務・資本提携。
2016年7月	フランスのネオポストグループとの合弁会社Packcity Japan株式会社が、オープン型宅配便ロッカー事業を開始。
2016年8月	マレーシアを本拠地とするクロスボーダー陸上幹線輸送会社であるOTLグループ3社の株式取得およびベトナム事業取得に合意。
2020年4月	ヤマトリース株式会社の発行済株式数の60%を芙蓉総合リース株式会社に譲渡。
2020年6月	EC事業者向け新配送商品「EAZY(イージー)」のサービスを開始。
2021年4月	ヤマトロジスティクス株式会社、ヤマトフィナンシャル株式会社を含む7社をヤマト運輸株式会社に吸収合併および吸収分割。
2021年9月	ヤマトマネージメントサービス株式会社をヤマト運輸株式会社に統合。
2022年1月	ヤマトホームコンビニエンス株式会社の発行済株式数の51%をアート引越センター株式会社に譲渡。
2022年4月	東京証券取引所の市場区分の見直しにより、東京証券取引所の市場第一部からプライム市場に移行。
2023年9月	ヤマト・スタッフ・サプライ株式会社の発行済株式数の51%を株式会社ワールドスタッフィングに譲渡。
2023年10月	日本郵政グループとの協業により「クロネコゆうパケット」のサービスを開始。
2024年1月	「クロネコDM便」のサービスを廃止。
2024年2月	日本郵政グループとの協業により「クロネコゆうメール」のサービスを開始。