1904年2月台湾南部の塩水港庁岸内庄(現 台南県)に資本金30万円をもって「塩水港製糖会社」が創立され、赤糖の生産を開始致しました。これが当社の起源であります。
その後、1938年には資本金を6,000万円とし、工場は台湾内に7ヶ所、日本国内に2ヶ所(東京1、大阪1)を擁する製糖会社となりました。
戦後、1950年7月、塩水港倉庫株式会社として新たに発足致しました。(本社:東京都中央区日本橋 支店:大阪市此花区)その後の主な変遷は次のとおりであります。

1950年8月	社名を「塩水港精糖株式会社」に変更。
1951年1月	精糖事業を復活。
1961年10月	東京証券取引所第2部に上場。
1964年8月	大洋漁業株式会社(現マルハニチロ株式会社)と資本提携。「パールエース印」ブランドの誕生。
1966年3月	横浜工場竣工(溶糖能力650トン/日)。
11月	本社を横浜市大黒町へ移転。
1971年2月	横浜工場溶糖能力750トン/日に増強。
9月	宮本産業株式会社(後の株式会社パールフーズ(現連結子会社))設立。
1973年1月	大阪府泉佐野市に大阪工場竣工(溶糖能力500トン/日)。
1982年4月	エントウ産業株式会社(後の株式会社イーエス(連結子会社))設立。
1983年10月	東洋精糖株式会社と業務提携し共同生産会社として、太平洋製糖株式会社を設立。 大阪工場にてサイクロデキストリンの生産を開始。
1989年10月	糖質研究所竣工。
1990年6月	久野修慈、社長就任。
11月	乳糖果糖オリゴ糖の生産を開始。
1993年9月	エントウ産業株式会社、「株式会社イーエス」へ商号変更。
1994年9月	株式会社ナルミヤを増資引受により関連会社とする。
11月	乳糖果糖オリゴ糖を主成分とする新製品「オリゴのおかげ」の全国販売を開始。
12月	宮本産業株式会社、「株式会社おかげさま.」へ商号変更。
1995年10月	「オリゴのおかげ」シリーズ全製品につき、「特定保健用食品」表示許可(整腸作用)を取得。
1998年10月	マルハ株式会社(現マルハニチロ株式会社)の全額出資子会社として株式会社パールエース設立。当社の総発売元となる。
2001年10月	横浜共同生産工場(太平洋製糖株式会社)において、塩水港精糖株式会社、東洋精糖株式会社、フジ日本精糖株式会社三社による共同生産開始。
2002年3月	塩水港精糖株式会社、大日本明治製糖株式会社、大東製糖株式会社三社出資により関西製糖株式会社を設立。7月に共同生産を開始。
7月	本社を東京都中央区日本橋へ移転。
2005年3月	マルハ株式会社との資本提携を解消し、三菱商事株式会社と資本提携。 総発売元である株式会社パールエースを子会社とし、新たな生産・販売体制をスタート。 株式会社パールエースが子会社となったことに伴い、同社の関連会社である南西糖業㈱が当社の関連会社となる。 浅倉三男、社長就任。
2008年5月	本社新社屋(ニューESRビル)竣工。
2011年1月	株式会社パールエースをパールエース株式会社に商号変更。 新設分割によりパールエース株式会社を分割会社、株式会社パールエース(現連結子会社)を承継会社とする会社分割を実施。 パールエース株式会社を吸収合併。
	株式会社イーエスを吸収合併。
2014年1月	東京証券取引所市場第1部指定。
5月	山下裕司、社長就任。
2019年6月	丸山弘行、社長就任。
2019年10月	株式会社おかげさま.を株式会社パールフーズに商号変更。
2020年11月	ビーツをドリンクにした新商品「奇跡の野菜といわれるビーツをドリンクにしました」を発売。
2021年4月	久野修慈、社長就任。