ヤクルトの事業は、1935年福岡市において「代田保護菌研究所」の名称で発足し、その後、「ヤクルト」の商標のもとで各地の独立した企業体によって事業が展開されました。
このような状況のなか、各地の独立した企業体から、事業方針の統一を図るためにも中心となる機関を望む声が高まり、ヤクルト企業全体を指導・統括する組織として、1955年4月、株式会社ヤクルト本社が設立されました。
<実質上の存続会社について>当社(1949年1月29日設立)は、1972年2月1日を合併期日として、東京都中央区日本橋本町3丁目6番地所在の株式会社ヤクルト本社(旧株式会社ヤクルト本社、1955年4月9日設立)の株式額面金額を変更するため同社を吸収合併しました。
合併前の当社は休業状態であり、従って、法律上消滅した旧株式会社ヤクルト本社が実質上の存続会社であるため、特に記載のない限り、実質上の存続会社に関して記載しています。

年月	概要
1955年4月	東京都中央区西八丁堀4丁目4番地に資本金200万円をもって、株式会社ヤクルト本社を設立。
1955年4月	研究所(後に中央研究所京都分室と名称を変更)を設置。
1956年4月	東京都中央区西八丁堀4丁目6番地に本店移転。
1961年12月	東京都中央区日本橋本町3丁目6番地に本店移転。
1964年3月	ヤクルトグループ初の海外事業所として、台湾ヤクルト株式会社(2003年7月に同社株式の 15%、2005年1月に5%、2006年3月に5%を取得し、現在の持株比率は25%。現持分法適 用会社)が営業を開始。
1967年3月	国立研究所(後に中央研究所と名称を変更)を設置。
1969年1月	株式会社サンケイアトムズ(現株式会社ヤクルト球団、連結子会社)の株式を取得し、プロ野 球興行事業に参入。
1969年4月	北海道、東北、中部、東海、北陸、近畿、中国、四国、九州の9支店を設置。
1970年2月	各地のヤクルト製造会社の合理化・統廃合に伴い、当社初の製造部門として藤沢工場を設置。
1971年2月	化粧品の本格販売を開始。
1972年2月	東京都千代田区の株式会社ヤクルト本社と合併。
1972年9月	東京都港区東新橋1丁目1番19号に本店移転。
1975年1月	医薬品の本格販売を開始。
1978年8月	シンガポールヤクルト株式会社(2003年5月に当社持ち分以外の全株式を取得し、全額出資子 会社化。現連結子会社)を設立。
1980年1月	東京証券取引所市場第二部へ株式上場。
1981年7月	東京証券取引所市場第一部へ株式上場。
1984年12月	ヤクルト薬品工業株式会社を吸収合併し、医薬品の開発・製造を開始。
1986年2月	東日本における製造・物流の拠点として、富士裾野工場を設置。
1987年7月	富士裾野医薬品工場を設置。
1990年2月	インドネシアヤクルト株式会社(2001年12月に当社持ち分以外の全株式を取得し、全額出資子 会社化。現連結子会社)を設立。
1992年6月	オーストラリアヤクルト株式会社(海外事業所初の全額出資子会社、現連結子会社)を設立。
1996年3月	欧州各事業所(オランダヤクルト販売株式会社、ベルギーヤクルト販売株式会社、イギリスヤ クルト販売株式会社、ドイツヤクルト販売株式会社、各社とも現連結子会社)を統括するヨー ロッパヤクルト株式会社(全額出資子会社、現連結子会社)を設立。
2004年3月	グループダノン(フランス)と戦略提携契約を締結。
2005年4月	1単元の株式の数を1,000株から100株に変更。
2005年4月	ベルギーに研究拠点を設置。
2005年4月	中国でのヤクルト事業を統括する中国ヤクルト株式会社を設立。
2005年10月	グループダノンとの初の合弁会社(出資比率50:50)としてインドヤクルト・ダノン株式会社 を設立。

年月	概要
2010年4月	2009年4月から組織の統合・再編を実施し、北海道、東日本、首都圏、中日本、西日本の5 支店体制に変更。
2012年4月	西日本における生産拠点として、兵庫三木工場を設置。
2013年4月	ダノン(フランス)との戦略提携契約を終了し、協業関係に関する覚書を締結。
2013年6月	本社乳製品工場の組織再編に伴い、福島、茨城、富士裾野、兵庫三木、佐賀の5工場体制に 変更。
2016年4月	5つの研究棟(食品研究棟、研究管理棟、基礎研究棟、医薬品・化粧品研究棟、品質・技術 開発棟)を新設し、共用研究棟、エネルギー棟を含む7つの研究棟からなる「新しい中央研 究所」が完成。
2020年4月	東京都港区海岸1丁目10番30号に本店移転。
2022年4月	東京証券取引所の市場区分の見直しにより市場第一部からプライム市場へ移行。
2023年10月	普通株式1株につき2株の割合で株式分割を実施。