当社は、加藤辨三郎を所長とする協和化学研究所設立(昭和12年)及びその母体である協和会設立(昭和11年)に端を発します。その後、同研究所の研究開発成果の事業化、政府の要請等により、協和化学興業株式会社設立(昭和14年)、東亜化学興業株式会社設立(昭和18年)となり、この両社は合併(昭和20年4月)して、終戦を機に会社名を協和産業株式会社と改称(昭和20年10月)しました。

昭和24年7月	企業再建整備法に基づき、協和産業株式会社を解散し、その第二会社協和醱酵工業株式会社(資本金5,000万円)を設立
昭和24年8月	当社株式を東京証券取引所に上場
昭和26年4月	米国のメルク社から「ストレプトマイシン」の製造技術を導入
昭和31年9月	発酵法によるグルタミン酸ソーダ製造法の発明とその企業化を公表
昭和34年9月	抗悪性腫瘍剤「マイトマイシン」を発売
昭和44年7月	米国にKyowa Hakko U.S.A., Inc.を設立
昭和48年3月	ドイツにKyowa Hakko Europe GmbHを設立
昭和56年4月	協和メデックス㈱を設立
昭和57年10月	米国にBioKyowa Inc.を設立
平成4年10月	米国にKyowa Pharmaceutical, Inc.(現 Kyowa Hakko Kirin Pharma, Inc.)を設立
平成10年9月	中国に上海冠生園協和アミノ酸有限公司(現 上海協和アミノ酸有限公司)を設立
平成14年9月	酒類事業をアサヒビール㈱に譲渡
平成15年2月	米国にBioWa, Inc.を設立
平成16年4月	化学品事業を協和油化㈱に分割承継し、協和油化㈱は商号を協和発酵ケミカル㈱に変更
平成17年4月	食品事業を新設分割し、協和発酵フーズ㈱(後のキリン協和フーズ㈱)を設立
平成19年6月	第一ファインケミカル㈱(現 協和ファーマケミカル㈱)の全株式を第一三共㈱から取得し完全子会社化
平成20年4月	株式交換によりキリンファーマ㈱が当社の完全子会社となり、キリンホールディングス㈱が当社の発行済株式総数の50.10%を保有する親会社となる また、キリンファーマ㈱の子会社である麒麟鯤鵬(中国)生物薬業有限公司(現 協和発酵麒麟(中国)製薬有限公司)、第一・キリン薬品㈱(現 韓国協和発酵キリン㈱)、麒麟薬品股份有限公司(現 台灣協和醱酵麒麟股份有限公司)他が当社の連結子会社となる
平成20年10月	バイオケミカル事業を新設分割し、協和発酵バイオ㈱を設立 キリンファーマ㈱を吸収合併し、商号を協和醱酵工業株式会社から協和発酵キリン株式会社に変更
平成23年1月	キリン協和フーズ㈱の全株式をキリンホールディングス㈱に譲渡
平成23年3月	協和発酵ケミカル㈱の全株式をケイジェイホールディングス㈱に譲渡
平成23年4月	英国のProStrakan Group plcの全株式を取得し完全子会社化
平成24年3月	富士フイルム㈱との合弁会社協和キリン富士フイルムバイオロジクス㈱(バイオシミラー医薬品の開発・製造・販売)を設立
平成24年11月	タイにThai Kyowa Biotechnologies Co.,Ltd.を設立
平成26年8月	英国子会社ProStrakan Group plcが英国のArchimedes Pharma Limitedの全株式を取得し完全子会社化